至元六年（1268年），被分封到蒙古以西海牙里（今哈萨克斯坦塔尔迪‧库尔干尔）的成吉思汗第三子窝阔台之孙海都率领部众发动叛乱。
海都与成吉思汗次子察合台的后裔钦察汗国可汗在塔拉斯河会盟，公开反对忽必烈和伊儿汗国（蒙古四大汗国之一，由成吉思汗幼子拖雷的后人统治），并商议以海都为盟主。参与会盟的蒙古诸王称忽必烈已经被汉族同化，声称要对忽必烈用兵以恢复蒙古人的游牧本性。
平诸王叛乱
之后以海都为首的诸王时常侵扰西北地区，忽必烈征调正在攻宋的伯颜北上平叛，因海都采用游动作战的方式，所以虽然伯颜军始终占上风，但也没能彻底将海都打败。
至元七年（1269年），忽必烈以那木罕为将，在别失八里击败海都。至元十二年（1274年），忽必烈再遣安童辅佐那木罕西征。未料，那木罕部将昔里吉等于次年底发动兵变，将安童抓获后交予海都。不久后，海都会同察合台汗国君王挥师东进蒙古本部，最终被骁勇善战的元朝将领土土哈赶出漠北大帐。
至元二十四年（1286年），海都以偏师袭阿勒台山地区，自率主力在马纳思河（今玛纳斯河）与元军交战，元军战败，后杀到哈密。畏兀儿亦都护火赤哈儿这时屯驻于哈密，战死。海都不久退回。元军重戍于畏兀儿之地，斡端也再度回到元朝控制下。
与此同时，海都又鼓动东部诸王后裔乃颜、势都儿、哈丹等人发动叛乱，他们还一度发兵占领和林，但不久即退出。忽必烈闻讯后，派两路大军前往，消灭了叛乱势力。平叛后，忽必烈设置了辽阳行省，并在叛王封地内置万户府，用以削弱藩王的权力。
然而，海都仍未放弃在西北的骚扰。1288年，西线海都军东进打败岭北的元军。1289年，海都再次进攻和林，74岁的忽必烈亲自率兵北上，海都不敌，率领部众远逃。
1292年，时任岭北枢密院使、钦差亲军卫都指挥使的土土哈在阿尔泰山一带大败海都，次年，收复唐努山以北乌斯等五部之地，并在此屯兵驻守，这给了海都很大打击。忽必烈还先后派遣伯颜、玉昔帖木儿等人主持西北军事，海都势力遂被逐出至阿尔泰山之北。
1301年，元成宗时，海都纠合四十诸王再度进兵元朝，最后在和林被元军击败，海都因伤重不治而亡，其子察八儿继汗位。1306年，察八儿投降，西北诸王的叛乱至此才全被平定。
在平叛西北东北诸王叛乱的同时，忽必烈也加强了对边疆的管理。
对西北边疆的管理
元朝的西北边疆，主要指今天的新疆地区，居民主要是畏兀儿人。公元9世纪回鹘人以高昌（今吐鲁番）为中心建立了高昌回鹘王国。12世纪，高昌回鹘王国附属于西辽，受西辽所派“少监”控制，向西辽缴纳大量贡赋。13世纪，草原上崛起的成吉思汗威名远播天山南北，高昌回鹘王国的亦都护（国王的世袭尊号）听说后，决定摆脱西辽少监的暴虐监治，投靠宽宏有度量的成吉思汗。
1209年，他杀死西辽少监，遣使臣觐见成吉思汗表示归顺。1211年春，他又亲自去觐见成吉思汗，求娶成吉思汗之女。成吉思汗因其主动归附，便把女儿嫁给了他。自此，亦都护王族与成吉思汗皇族也形成了世代联姻关系。
与其它被征服国有所不同的是，高昌回鹘一方面是蒙古大汗的藩臣，必须履行纳质、进贡、出兵从征等藩臣义务，但另一方面，亦都护对自己的领地和属民有一定的自主权。此外，由于畏兀儿位居东西方交往的通道，对蒙元时代东西方经济、文化、科技的交流也起到重要作用。
在高昌回鹘归附后，其西部的天山南北及中亚地区，仍是西辽的势力。对此，成吉思汗又派大军进入西辽境内，并在1218年灭掉西辽。西辽归属于成吉思汗后，大蒙古国就与花剌子模王国的边界接壤，更方便了双方的交往。成吉思汗去世后，新疆西部地区分别成为察合台汗国和窝阔台汗国的领地。
忽必烈时期，窝阔台汗国海都支持阿里不哥争夺大汗位，在忽必烈战胜阿里不哥后，海都实际控制了新疆西部大部分地区，并联合察合台后裔一再向忽必烈挑衅。
除了派皇子那木罕率亲王七人及数千兵马驻扎在阿力麻里威慑海都等外，忽必烈还将北庭（今吉木萨尔）地区视为西北军事重镇、战略要地，在此先后设别失八里行尚书省、北庭都护府、别失八里宣慰司、别失八里元帅府、西域卫亲军都指挥使司、北庭元帅府等机构。这对于防御海都、稳定西域局势、发展经济起到了重要作用。
为发展当地经济，忽必烈还在新疆地区大力推行屯田，鼓励百姓垦荒，设冶炼场、铸造农具；同时减免赋税，赈济饥民，给缺少耕牛、籽种的农民分配耕牛、籽种；此外，还兴办纺织、布染等。1266年，忽必烈下令设置了忽丹八里局，促进和田丝绸的生产。“和田绸”在当时和后来的朝代都很有名。1286年，又在别失八里设别失八里局，负责当地丝绸纺织品生产，包括皇室御用的“纳失失”锦缎。
为加强新疆与内地以及中亚地区、南北疆之间的联系，忽必烈还设立数量众多的驿站。如1274年在和田、鸦儿看（今莎车）两地设水驿13处；1281年，从外高加索山太和岭至别失八里修建30个驿站；1282年，在新疆东部罗卜（今若羌）、赭里辉（今且末）设驿站。这些驿站的建立不仅加强了多方的联系，也便于军事情报的传递。
当时元朝推行的钞法也在新疆各地实行，1280年。忽必烈下令设置立畏兀境内交钞提举司、交钞库，管理新疆地区元钞的印制、发行和兑换等事宜。设置提刑按察司，处理司法诉讼；设哈赞忽咱、哈刺火州总管府等，以加强户籍赋税的管理。
对西藏的管理
西藏，元时仍称为“吐蕃”。在第九章谈及忽必烈确立国教时，已经部分涉及了元廷对吐蕃的管理。根据史料的记载，蒙古与西藏正式确立关系，是在窝阔台次子阔端驻扎在凉州（今甘肃武威）时。1239年，阔端派人攻打吐蕃。吐蕃人知晓无法抵挡蒙古铁骑，于是当时在吐蕃具有重大影响的萨迦派领袖萨迦班智达代表吐蕃人去与蒙古人谈判。
经过协商，双方达成协议，吐蕃归附于蒙古，由蒙古汗国委派萨迦派领袖主持吐蕃事务，并将民户、贡赋登记成册，交给阔端。蒙古则不再派兵进攻。
蒙哥汗即位后，派官员入藏清查户口，划定地界，萨迦派新的领袖八思巴亦派人协助。彼时总领漠南汉地事务的忽必烈亦在攻打大理途经临洮时与八思巴相谈甚欢，八思巴还为忽必烈和察必王妃举行了密宗喜金刚灌顶仪式。从此，八思巴跟随在忽必烈左右。
忽必烈1260年即汗位后，八思巴被封为国师，受玉印，统领全国佛教事务，并受命创建新的蒙古文字。
1263年，八思巴返回吐蕃，行前受命统领吐蕃，受赐珠宝册印。第二年，在总制院成立后，兼任总制院使，总管藏区事务。当然，对于吐蕃其它教派和地方势力，忽必烈并未忽视。忽必烈根据吐蕃的物产分布情况，重新划分了行政区域，设立了13个万户，各万户兼管军事民政，他们也都属于八思巴管辖。1270年，忽必烈又封其为帝师。
此外，从蒙哥汗到忽必烈先后在藏区设立了三个宣慰使司都元帅府，辖区包括今西藏除昌都地区以外的大部分地区。他们主要负责对藏区的军事管理、推荐官员、管理驿站和佛事活动等。
除了封八思巴为国师、帝师以示推崇外，忽必烈对于吐蕃僧人也十分优待，不仅给他们赐官封号，还允许他们不服兵役、劳役和缴纳赋税。
考虑到青藏高原交通不便，对管理、军事及商旅往来都很不方便，忽必烈决定建设通往西藏的驿站。在八思巴的支持下，忽必烈修建了一条从青海通往萨迦地区的道路，沿途一共建有27个大驿站，保障了交通，也加强了西藏与内地政治、经济、军事和文化上的联系。
对云南和蒙古的管理
云南是忽必烈亲自打下来的，被擒的大理国王段兴智被蒙哥汗任命为大理总管，子孙世袭，并赐名“摩诃罗嵯”。与此同时，蒙哥汗加封与忽必烈一起攻打云南的蒙古大将兀良合台为大元帅，“还镇大理”。
忽必烈即汗位后，在云南设立多个驿站，有的甚至可以抵达缅甸，并经缅甸到达印度。1267年，忽必烈任命皇子忽哥赤为云南王，出镇云南，兼管辖大理、善阐等蛮夷部落，并为其设立大理等处行省六部，以阔阔带为尚书行省之下，设置了路、府、州、县，又设置若干军民总管府。在前往云南前，忽必烈叮嘱忽哥赤要“善抚吏民”。
1271年忽哥赤卒。忽必烈派宗王脱忽鲁镇守云南，于1274年又派自己所赏识的赛典赤赡思丁主持云南政事。
才智品德都令人赞叹的赛典赤赡思丁与脱忽鲁合作，其在任六年，不负忽必烈所托，鼓励发展农业和桑蚕业，其所为对云南的社会安定和经济发展都发挥了重要作用。云南和内地的联系更加密切。
此后，至1382年驻守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密兵败自杀、大理总管段世战败归降明军，蒙古人建立的政权统治云南地区长达128年。
再来看蒙古地区。忽必烈即大汗位后，统治中心逐渐转移到中原地区，先升开平为上都，后定都燕京，改名为中都，而之前蒙古的都城和林的政治地位下降。忽必烈在和林先后设置转运司、宣慰司都元帅府，使蒙古地区在政治上处于一般边界地位。
阿里不哥臣服后，忽必烈派汉人刘好礼出任拖雷封地益兰州、吉利吉斯（今叶尼塞河上游地区）等五部断事官，还派大量工匠前往，帮助当地居民兴建城郭、官署，发展农业、手工业，同时设置驿站。当地的发展对于忽必烈遏制海都等人的叛乱起到了一定的作用。
昔里吉叛乱后，占据了该地。忽必烈派伯颜平息叛乱后，任命太子真金之子梁王甘麻剌坐镇和林，协调蒙古地区的军队。1289年，忽必烈正式在和林设行枢密院，伯颜任行枢密院院事。几年后，被改封为晋王的甘麻剌代替伯颜，坐镇和林。忽必烈让其“统领太祖四大斡耳朵及军马、达达国土”，并允许其设立王府，设置王傅、内史等官，这也是忽必烈时期在蒙古地区设立的最完备、权力最大的宗王官署。
完善站赤制 设急递铺
元朝地域辽阔，但却能保持全国政治、军事、经济和交通信息的顺畅，而这依赖于“站赤制度”。蒙古人的站赤制度就是驿站。驿站由来已久，由官府设置，主要功能是“通达边情，布宣号令”，蒙古时期加以扩大，并在忽必烈时期得以完善。每一驿站都有一座府邸，供使臣往来居住。每一驿站还备有不少马匹，有的多达四百匹。据记载，忽必烈时期全国站赤共有1400处，这个数字还不包括边远地区和四大汗国间的驿站。
作为驿站的补充，忽必烈时还设置了传递紧急文书的机构，名为“急递铺”，每十里或十五里、二十五里设一铺，每铺置铺丁五人。铺丁一昼夜要行四百里，辗转传递军政机要文书。是以，百日路程的文书消息，十个昼夜就可以送到朝廷。对于文书交接，也有着严格的规定。如果出现问题，主管官员和铺丁都要受到惩罚。
元代的驿传制度对当时的波斯、俄罗斯、埃及和中亚、西亚诸国都产生了影响，在俄罗斯竟沿用了数百年之久。
简言之，忽必烈对于庞大帝国的边疆地区，一方面在政治上根据当地情况采取不同措施进行管理，另一方面则重视经济发展，鼓励屯田，发展农业，同时改善交通，设置驿站，加强了边疆与内地的联系，宋、辽、西夏、金时期各少数民族偏守一隅的情况逐渐有了变化，这使得忽必烈的大一统在相当长一段时间内十分稳定。
参考资料：
《元史》
《忽必烈传》
《忽必烈和他的世界帝国》
《马可波罗行记》
点阅【忽必烈传】系列文章
（转自大纪元/责任编辑：浩宇）
